A mediados del siglo XIX, en el mismo lugar en el que ahora se encuentra Istana Woodneuk, había una casa de campo distinta. La diseñó, en 1854, un ingeniero llamado J. F. A. McNair para William Napier, un acaudalado abogado. Aquella residencia fue conocida con el nombre de Tyersall House.
En 1860, el sultán malayo Abu Bakar de Johor compró la propiedad. En 1890 Tyersall House fue demolida y comenzó a construirse una nueva residencia, que se finalizó dos años más tarde. Esta nueva casa recibió el nombre de Istana Woodneuk ("istana" significa "palacio" en malayo). El sultán no disfrutó de su nueva residencia durante mucho tiempo: el 4 de junio de 1895 falleció en el Bailey's Hotel de Londres.
Istana Woodneuk fue construida con un estilo ecléctico victoriano, que combinaba motivos góticos y clásicos con elementos malayos.
En la fiesta de inauguración de esta residencia palaciega, el sultán Abu Bakar mencionó que los planos de la vivienda fueron aprobados por su difunta esposa y ejecutados por el arquitecto malayo, Datok Yayah.
En 1905 tuvo lugar un incendio a causa de un cableado eléctrico defectuoso. Dos años después, Istana Woodneuk fue abandonada por sus propietarios definitivamente.
Durante la Segunda Guerra Mundial, Singapur cayó bajo dominio del Imperio Japonés. Istana Woodneuk se vio afectada por los ataques aéreos japoneses. Convertida en un hospital militar, la residencia fue bombardeada en febrero de 1942, a pesar de tener pintada en el techo una cruz roja. En el incendio murieron 700 personas.
A partir de ese momento, la casa fue deteriorándose lentamente hasta el momento actual en el que, como ya hemos indicado, se encuentra a punto de ser demolida.