El té estaba todavía caliente en la mesa; todos los botes salvavidas se hallaban en su lugar y, sin embargo, la tripulación del Mary Celeste había desaparecido. Esto no es más que una leyenda. ¿Qué sucedió en realidad?
Hacia 1900 surgieron historias acerca de un «monstruo de las profundidades» , y en ellas el Mary Celeste se veía atacado por un enorme pulpo hambriento que capturaba a toda la tripulación. Aunque esta teoría resultaba atractiva para los ilustradores, también presentaba una serie de defectos. Aún cuando existan animales de enorme tamaño, es muy poco probable que todos los tripulantes del Mary Celeste estuvieran en cubierta en aquel momento, o que hubieran permanecido inmóviles allí mientras el monstruo los agarraba uno por uno. También debemos suponer que por alguna razón este animal deseaba adueñarse de la yola, del cronómetro, del sextante y de los documentos del barco.
Una Hipotesis data que la tripulación del Mary Celeste fue secuestrada por un OVNI, y los que han escrito acerca del Triángulo de las Bermudas las incluyen entre las víctimas de la fuerza inexplicada que opera en la zona (suponiendo que esta fuerza fuera extrañamente selectiva, y que la zona se extendiera hasta las Azores). Una teoría a primera vista aceptable decía que la comida o el agua para beber debían de estar contaminadas, y esto hizo que la tripulación sufriera alucinaciones y trastornos mentales que les llevaron a lanzarse por la borda.
Ninguna de las soluciones que se han ofrecido hasta ahora parecen explicar todos los detalles, pero podemos enumerar algunos de los hechos más destacados que podrían ofrecer unas cuantas pistas: el Mary Celeste fue abandonado por su capitán y su tripulación; quienes abandonaron el barco, lo hicieron en la yola. Esta pequeña embarcación habría sido sobrecargada y, por consiguiente, volcó, lo cual hace que el final de la tripulación no sea por completo inexplicable. El barco fue abandonado a toda prisa, sin tiempo para coger ropa de repuesto y, por lo que se sabe, tampoco comida ni agua; sin embargo, la tripulación no abandonó el barco en un completo estado de pánico, ya que se preocuparon de recoger el sextante, el cronómetro y los documentos del barco (aparte de la corredera provisional). Puesto que no existe ninguna evidencia de que el Mary Celeste sufriera daño alguno, las razones que llevaron a la tripulación a abandonarlo fue algo que temieron que hubiera pasado o fuera a pasar, pero que finalmente no sucedió.
El copropietario del barco sugirió que el cargamento de alcohol desnaturalizado del Mary Celeste había desprendido gases que se acumularon en la bodega y formaron una mezcla explosiva. Ésta, se encendió con una chispa que saltó tal vez debido a una fricción de las tiras de metal , alrededor de los barriles, o a una linterna utilizada durante la inspección del cargamento. Quizá los tripulantes vieron los gases y creyeron que el barco estaba a punto de estallar.
Los expertos han señalado que no podía haber habido ningún vapor «visible», pero que sí podría haberse formado una mezcla explosiva. Sin embargo, esto no hubiera causado una pequeña explosión, sino que hubiera convertido al Mary Celeste en un montón de astillas.
Otra teoria afirma que la tripulación sufrió un ataque de pánico creyendo que el barco se estaba hundiendo. Otros dicen q el Mary Celeste fue azotado por una tromba marina, por un tornado de mar; por un remolino de viento y agua que puede aparecer sin avisar, durar hasta una hora y después disolverse con la misma velocidad con la que apareció. A primera vista, esta teoría no parece muy verosímil, principalmente porque no se suelen producir trombas marinas fuera de los trópicos. Pero la verdad es que la aparición de éstas no está totalmente limitada a aquella zona
¿qué monstruoso acontecimiento amenazó a los que se encontraban a bordo del Mary Celeste y les obligó a abandonarlo a toda prisa, aunque con el tiempo suficiente para hacerse con el sextante, el cronómetro y los papeles del barco?